El santuario principal, o Honden, es la estrella arquitectónica. Fue construido durante la era Oei, entre 1394 y 1428, y reparado de forma sustancial en 1542. En una ciudad donde el fuego ha destruido tantos edificios antiguos de madera, este sobrevivió, lo que lo convierte en uno de los más antiguos de Kioto. Está catalogado como Bien Cultural Importante. Observen el tejado con atención. La mayoría de los santuarios de Kioto utilizan el estilo nagare-zukuri, en el que el tejado es más largo por delante y más corto por detrás. Aquí, el tejado a dos aguas desciende con la misma longitud por delante y por detrás, en una forma poco común llamada ryonagare-zukuri, también conocida como estilo Matsuo-zukuri. Está cubierto con corteza de ciprés, y los extremos de la cumbrera se curvan en una forma decorativa llamada karahafu. La madera cálida y la corteza contrastan con los muros blancos entre los pilares. El santuario también custodia una notable colección de estatuas divinas. Tres son Bienes Culturales Importantes, dos masculinas y una femenina, y otras dieciséis están catalogadas por la Prefectura de Kioto. Además están los jardines de Shofuen, tres jardines de estilos distintos que utilizan más de doscientas piedras. A finales de abril, unas 3000 yamabuki, o kerria, florecen en amarillo dorado a lo largo del río Ichinoi, entre la puerta de la torre y el salón principal.