La historia comienza con Shinran, el fundador de la tradición Jodo Shinshu. En el año 1272, sus discípulos trasladaron sus restos desde Otani a un lugar al norte de Yoshimizu y construyeron allí un salón mausoleo para albergar su imagen. Aquel pequeño memorial creció hasta convertirse en el Hongan-ji, y se extendió ampliamente bajo su octavo sumo sacerdote, Rennyo. Después llegó la turbulenta época de los estados combatientes, cuando el templo quedó atrapado en la lucha en torno a Ishiyama Hongan-ji. Tras la muerte del señor de la guerra Hideyoshi en 1598, el sumo sacerdote Kyonyo apoyó abiertamente a Tokugawa Ieyasu. Cuando Ieyasu se convirtió en shogun en 1602, Kyonyo fue recompensado con terrenos en Kioto, al este del Hongan-ji existente, y en 1603 el nuevo templo era conocido como Higashi Hongan-ji. Por eso hoy existen dos grandes templos Hongan-ji en Kioto. El occidental es Nishi Hongan-ji, y este es su homólogo oriental. Los nombres surgieron por conveniencia: como este templo se encontraba al este, la gente lo llamaba Templo Oriental, y el más antiguo pasó poco a poco a conocerse como Templo Occidental, en contraste.