La historia comienza en 1272, en el noveno año de Bun'ei, cuando la hija menor de Shinran, Kakushinni, construyó un pabellón mausoleo para su padre en el distrito de Otani, en las colinas de Higashiyama. De ese pequeño memorial creció un movimiento. El nombre Hongwanji entró en uso público alrededor de 1321, y el característico par de pabellones del templo tomó forma a lo largo de las generaciones siguientes: para la época del séptimo superior, Zonnyo, un Pabellón del Fundador de cinco tramos se alzaba al norte y un Pabellón Amida de tres tramos al sur, una disposición que aún determina cómo te encuentras con este lugar hoy. En 1457, el octavo superior, Rennyo, heredó el linaje del dharma a la edad de cuarenta y tres años y convirtió una comunidad modesta en una grande. Pero la escala trajo conflicto. En 1570 el señor de la guerra Oda Nobunaga se volvió contra el Hongwanji, cuya red se había convertido en una importante fuerza social, y ambos bandos libraron la llamada guerra de Ishiyama durante once años. Se llegó a un acuerdo en 1580. El undécimo superior, Kennyo, dejó la fortaleza de Ishiyama y se trasladó a Sagimori en Kii, luego al templo Gansenji en Kaizuka en Izumi, antes de que Toyotomi Hideyoshi concediera tierras en Osaka Tenma. En 1591, la concesión de tierras del templo por parte de Hideyoshi trajo a la comunidad a este sitio. Luego, en 1602, se dividió: Kyonyo, apoyado por Tokugawa Ieyasu, estableció lo que se convirtió en Higashi-Hongan-ji al este. Los nombres originalmente eran solo descripciones de posición: el templo más al este recibió el apodo de oriental, así que este se convirtió en el Hongwanji occidental. Formalmente, es simplemente Hongwanji.