Sobreviver por mais de oito séculos não foi fácil. Em 1563, as chamas da guerra destruíram os salões, e uma restauração iniciada em 1570 foi desfeita quando o fogo consumiu tudo outra vez, em 1574. Em 1587, a reorganização de Hakata feita por Toyotomi Hideyoshi reduziu o recinto a quatro quarteirões quadrados. Então, o senhor local Kobayakawa Takakage doou uma renda de trezentos koku de arroz e, sob sua proteção, o abade Genyu reconstruiu o salão do Buda, o portão principal e outras construções. O sino tem sua própria aventura. Trata-se de um sino coreano do período Goryeo, e uma inscrição registra a doação de Takakage. Em 1502, ele pertencia ao Byōdō-ji, no que hoje é Itoshima. Em 1533, durante os combates entre os clãs Ōuchi e Ōtomo, os Ōuchi se apoderaram dele, e ele acabou no Honkoku-ji, em Yamaguchi. Em 1537, Ōuchi Yoshitaka o devolveu ao Byōdō-ji. Mais tarde, a doação de Takakage o trouxe para cá, e ele pertence ao Templo Shōfuku-ji desde então. Foi declarado bem cultural importante em 1906. Há também um capítulo mais gentil. De agosto de 1946 a fevereiro de 1947, um lar chamado Shōfuku-ryō cuidou de 164 órfãos repatriados após a guerra. Ele foi aberto pelo escritório de socorro de repatriação de Fukuoka e administrado pela Associação de Amigos de Fukuoka, no terreno do templo.