A fundação do santuário remonta a 1638. Naquele ano, uma guerra civil eclodiu em Shimabara, a cerca de 50 quilômetros a leste de Nagasaki, e o governo enviou Matsudaira Nobutsuna, da região de Edo, como general de suas forças. Ele viveu de 1596 a 1662. Ao passar por este distrito, percebeu que a paisagem lembrava o Monte Hiei, perto de Kyoto. Por isso, pediu ao governador local de Nagasaki que construísse um santuário aqui. Ele deveria ser uma filial de Hiyoshi Taisha, o grande santuário do Monte Hiei, conhecido popularmente como Sannō Gongen. É assim que este santuário passou a levar o nome Sannō. Essa ligação com o Monte Hiei situa o santuário em uma tradição mais ampla. Hiyoshi Taisha tem laços profundos com a seita Tendai, e o culto a Sannō se espalhou por todo o Japão. Este santuário de Nagasaki pertence a essa família. O distrito de Urakami, ao redor, também tem uma longa história como palco da perseguição aos cristãos durante o período Edo, de modo que as camadas do passado de Nagasaki estão muito próximas umas das outras aqui.