O museu começa antes da bomba, com a história do próprio lugar. O hipocentro da explosão foi o distrito de Urakami, que por muito tempo foi um subúrbio rústico e bastante isolado. Depois da década de 1920, essa situação mudou. O distrito foi escolhido como local para fábricas de munições, e sua população aumentou rapidamente. Uma seção do museu chamada Acontecimentos que Levaram ao Bombardeio Atômico de Nagasaki apresenta a cadeia de desdobramentos históricos por trás do ataque, e busca apresentá-los independentemente dos preconceitos do presente. A exposição mais ampla também revisita as guerras que formaram o contexto, o conflito entre o Japão e a China e, depois, a Guerra do Pacífico. Então chega o dia em si. Às onze horas e dois minutos da manhã de 9 de agosto de 1945, a bomba apelidada de Fat Man foi lançada sobre Nagasaki. Seu nome de código veio dos Estados Unidos, onde Robert Serber o escolheu, a partir de um personagem interpretado por Sydney Greenstreet no filme O Falcão Maltês. Uma nuvem em forma de cogumelo subiu a cerca de 45.000 pés, aproximadamente 14.000 metros, acima da cidade. Um modelo da Fat Man está entre as peças expostas, para que você possa ver a forma da arma que causou tudo isso.