Per capire questo santuario, immaginate Shinjuku prima dei grattacieli. A quei tempi si trovava piuttosto lontano da Edo, la città che oggi chiamiamo Tokyo. La zona cominciò a svilupparsi quando aprì una nuova stazione di posta lungo le strade Ome Kaido e Koshu Kaido, che fungeva da scorciatoia sulla Nakasendo, la strada che collegava Edo a Kyoto. I viaggiatori avevano bisogno di alloggio, i mercanti seguirono, e un santuario che vegliasse su tutti aveva senso. Il Santuario Hanazono Jinja divenne considerato il più importante santuario di Shinjuku, protettore della zona e dei suoi abitanti, mercanti, artigiani e artisti. Quanto è antico? Si tramandano due versioni. Secondo una, il santuario fu fondato a metà del Seicento. Secondo l'altra, era già venerato come santuario centrale di Naito Shinjuku prima che Tokugawa Ieyasu istituisse lo shogunato di Edo. In ogni caso, già nel periodo Edo era considerato antichissimo.