Il tempio Honnō-ji ebbe inizio con un monaco di nome Nichiryu, e la storia parte dalla tradizione Hokke stessa. Nichiren predicò il Sutra del Loto nel Giappone orientale. La tradizione narra che, due giorni prima di morire, convocò il discepolo del suo discepolo, Nichizo, e gli chiese di portare l'insegnamento a Kyoto. Nichizo vi andò, affrontò le pressioni dei monaci del monte Hiei e fondò il primo tempio Hokke di Kyoto, Myohonji, in seguito noto come Myokenji. Nichiryu studiò lì a partire dai diciotto anni, ma i conflitti interni alla scuola lo costrinsero ad andarsene. Nel 1415 aprì un tempio chiamato Honō-ji ad Aburanokoji, su Gojo Bomon, l'odierna via Bukkoji. Nel 1418 fu demolito dal capo di Myokenji, e così Nichiryu fuggì nel Kawachi, poi ad Amagasaki, dove fondò Honkoji. Tornò nel 1429. Con l'aiuto di un mercante di stoffe Yuzen di nome Kosodeya Soku, ricostruì il tempio a Uchino. Poi, nel 1433, un uomo di nome Nyoio-maru gli donò un terreno a Shijo Bomon. Il tempio fu ricostruito lì e prese il nome di Honnō-ji. È il nome che è rimasto.