Bien que de nombreux nobles de haut rang y aient été détenus, le résident le plus célèbre du château fut sans aucun doute Marie, reine d'Écosse. Elle arriva en juin 1567 après sa reddition à la bataille de Carberry Hill. Son séjour de onze mois fut marqué par une tragédie profonde et un grand drame. Alors qu'elle était confinée entre ces murs de pierre, elle subit une fausse couche de jumeaux et fut forcée, sous la contrainte, de signer ses actes d'abdication, cédant le trône à son fils en bas âge, Jacques VI. Malgré son chagrin, le charisme légendaire de Marie ne s'est jamais affaibli. Elle réussit à charmer des membres de la famille même qui la tenait captive, notamment George Douglas et un jeune page nommé Willie Douglas. Dans la nuit du deux mai 1568, lors d'un souper festif où les gardes étaient distraits, Willie parvint à voler les clés du château. Marie s'enfuit de l'île déguisée en servante et fut transportée à la rame sur les eaux sombres vers la liberté. Ce fut l'une des évasions les plus audacieuses de l'histoire royale écossaise, bien que sa liberté ait été, hélas, de courte durée.