En atteignant les niveaux supérieurs, vous découvrirez le cœur spirituel et historique du château. Ici se dresse la chapelle Sainte-Marguerite, le plus ancien bâtiment encore debout à Édimbourg. Elle fut construite vers l'an 1130 par le roi David premier en l'honneur de sa mère, la reine Marguerite, décédée au château en 1093. C'est un modeste chef-d'œuvre de l'architecture romane qui a miraculeusement survécu à la politique de terre brûlée de Robert le Bruce, qui avait ordonné la destruction de tout le château sauf cette chapelle. Tout près, le palais royal renferme une chambre minuscule où, en 1566, Marie Stuart, reine d'Écosse, a donné naissance au futur roi Jacques six. C'est également dans ces murs que sont conservés les Honneurs de l'Écosse, les joyaux de la couronne les plus anciens du Royaume-Uni. Jusqu'en 2024, ils étaient accompagnés de la légendaire Pierre du Destin, avant que celle-ci ne soit transférée au nouveau musée de Perth.