Isshinji a connu bien plus que la paix. Une tradition rapporte qu'en 1614, pendant la lutte entre Tokugawa Ieyasu et Hideyori, le fils de Hideyoshi retranché dans le château d'Osaka voisin, Ieyasu fit de ce temple son quartier général. La crête sur laquelle se dresse le temple, près des abords sud du château, permet aisément de l'imaginer. Bien plus tard, le temple souffrit comme le reste d'Osaka. Comme la plupart des temples et sanctuaires de la ville, il fut reconstruit après la destruction d'Osaka durant les dernières années de la Seconde Guerre mondiale. C'est pourquoi l'aspect actuel du temple n'est pas celui d'un ensemble médiéval préservé. En effet, la reconstruction lui a valu une réputation pour une architecture inhabituelle. En 2023, Isshinji a été retenu pour Osaka Selection, un volet du programme Living Architecture Museum de la ville, qui met à l'honneur les bâtiments qui donnent du caractère à la cité. Cette sélection distingue le temple pour deux éléments réunis : des images de Bouddha faites à partir des cendres des défunts et un ensemble de bâtiments uniques. La foi ancienne et le design nouveau se côtoient ici.