À l'intérieur, dirigez votre regard vers les absides. Dans l'abside de l'ancien sanctuaire de saint Just, vous verrez une mosaïque du début du XIIIe siècle. Elle représente le Christ Pantocrator entre saint Just et saint Servolo. Sous les mosaïques, vers 1230, des fresques racontaient la Passion de saint Just dans un style assez populaire et terre à terre. Parmi les autres fresques originales, le cycle de saint Just, en cinq éléments, est exposé dans une chapelle latérale. À côté se trouve une petite abside dédiée à saint Apollinaire, ornée de fresques romanes retraçant la vie du saint. L'abside principale est bien plus récente. Elle fut ornée d'une mosaïque en 1932 par l'artiste vénitien Guido Cadorin, qui représenta le Couronnement de la Vierge et des saints. Une inscription latine sur l'arc indique que la ville de Trieste en fit don à l'occasion du quatorzième anniversaire de la victoire du 4 novembre 1918. Puis il y a le trésor, conservé derrière une grille baroque. Parmi les objets figurent l'urne-reliquaire de saint Just, datant du XIIIe siècle, et le crucifix des Battuti, également du XIIIe siècle. On trouve aussi la hallebarde de saint Sergius, devenue un emblème de Trieste. Selon la légende, elle tomba miraculeusement sur le forum de la ville le 8 octobre de l'an 303, au moment où le saint soldat subissait le martyre en Syrie. Il s'agit d'une légende, non d'une histoire documentée. Le trésor a été pillé en 1984, et les chercheurs divergent sur l'origine de plusieurs objets.