Isshinji ha conocido más que la paz. Una tradición cuenta que en 1614, durante la lucha entre Tokugawa Ieyasu e Hideyori, hijo de Hideyoshi que se encontraba refugiado en el cercano castillo de Osaka, Ieyasu hizo de este templo su cuartel general. La loma sobre la que se alza el templo, cerca de los accesos meridionales del castillo, facilita imaginarlo. Mucho después, el templo sufrió como el resto de Osaka. Como la mayoría de los templos y santuarios de la ciudad, fue reconstruido tras la destrucción de Osaka en los últimos años de la Segunda Guerra Mundial. Por eso el aspecto actual del templo no es el de un conjunto medieval conservado. De hecho, la reconstrucción le dio fama por una arquitectura poco común. En 2023, Isshinji fue elegido para Osaka Selection, parte del programa Museo de Arquitectura Viva de la ciudad, que celebra edificios que aportan carácter a la ciudad. La selección destaca al templo por dos aspectos a la vez: imágenes de Buda elaboradas con las cenizas de los difuntos y un conjunto de edificios singulares. La fe antigua y el diseño nuevo conviven aquí, uno junto al otro.