Camine detrás de los salones y la gran escala da paso a un jardín. El Shinen, el jardín del santuario, es un lugar nacional de belleza escénica, creado por Ogawa Jihei VII, el gran maestro jardinero de Kioto conocido como Ueji, que vivió de 1860 a 1933. Trabajó en él durante más de veinte años. Es un jardín de paseo construido alrededor de un gran estanque, al que llevó agua procedente del cercano Canal del Lago Biwa. En aquel momento era una idea audaz y poco común. El jardín tiene cuatro partes: Oeste, Medio, Este y Sur. Las zonas Oeste y Medio datan de 1895, la Este de 1916 y la Sur, la más nueva, de 1981. En conjunto evocan cuatro épocas: Heian, Kamakura, Azuchi-Momoyama y Edo. Algunos de los elegantes edificios de madera de aquí fueron trasladados desde el Palacio Imperial de Kioto, y hay lugares pensados para sentarse y disfrutar de la vista. El año del santuario también tiene momentos destacados. El 22 de octubre, aniversario del traslado de la capital, la procesión Jidai Matsuri recorre el camino desde el Palacio Imperial de Kioto hasta el Santuario Heian. Unas 2000 personas participan, con trajes ordenados por épocas, desde el periodo Meiji hasta el periodo Heian. Se cuenta entre los tres grandes festivales de Kioto. El rito anual más importante del santuario tiene lugar el 15 de abril, cuando un enviado imperial asiste con ofrendas.