Todo gran templo tiene un origen, y este comienza con modestia. Honen, nacido en 1133 en la provincia de Mimasaka, en el actual Okayama, subió al monte Hiei a los trece años y fue ordenado a los quince. Más tarde fundó la secta Jodo, cuya práctica central es el canto del nembutsu, la frase Namu Amida Butsu. Alrededor de Higashiyama Yoshimizu, cerca de donde hoy se encuentra el Seishido, vivió en un pequeño ermitaño de paja. Aquella humilde morada es la semilla de la que creció Chion-in. Su enseñanza no fue bien recibida por todos. En 1207, durante la persecución de Jogen, Honen fue desterrado a la provincia de Sanuki, en la actual Kagawa. Cuatro años después, en 1211, fue indultado y regresó a la capital. Su antiguo ermitaño se había derrumbado, así que se trasladó al cercano Otani Zenbo, que es hoy el Seishido. Murió allí el vigésimo quinto día del primer mes de 1212, a los ochenta años. Tras su muerte se construyó un mausoleo junto al Otani Zenbo, pero los monjes de Enryakuji lo destruyeron en 1227. La historia no terminó ahí. En 1234, el discípulo de Honen, Genchi, revivió el lugar, y el emperador Shijo otorgó el nombre del templo, Kachozan Chion Kyoin Otaniji. A partir de ese momento, un ermitaño en una ladera inició su largo camino para convertirse en el templo principal de toda una escuela budista.