En la mañana del 6 de agosto de 1945, este lugar se encontraba a unos 1,2 kilómetros del hipocentro de la bomba atómica. La explosión derribó toda la iglesia, excepto la casa parroquial, que había sido construida recientemente, en 1936. Después, el incendio se extendió y también quemó la casa parroquial. En aquel momento, la parroquia tenía unos 300 miembros, y poco más de 100 de ellos vivían dentro de la ciudad. Se registra que veinticinco murieron en el bombardeo. El párroco era entonces un alemán, el padre Hugo Lassalle, que se encontraba dentro de la casa parroquial cuando cayó la bomba. El edificio resistió la explosión y no se derrumbó. Aquel otoño, él y otros sacerdotes levantaron una barraca de chapa ondulada, de aproximadamente el tamaño de tres tatamis, y la usaron como capilla. Ese pequeño refugio fue el primer paso para reconstruir la parroquia. De aquella experiencia surgió una idea. El padre Lassalle propuso una iglesia como lugar para recordar a las víctimas de la bomba atómica y como símbolo de amistad y paz entre todos los pueblos del mundo. Los católicos, junto con personas de todo el mundo que anhelaban sinceramente una paz duradera, respondieron con sus deseos y con generosas donaciones. La catedral fue dedicada el 6 de agosto de 1954.