Mehr als zwei Jahrhunderte lang hielt das Tokugawa-Shogunat Japan für den auswärtigen Handel geschlossen, mit den Niederlanden und China als einzigen Ausnahmen. Im Jahr 1854 änderte sich das. Japan unterzeichnete nacheinander Freundschaftsverträge mit den Vereinigten Staaten, dem Vereinigten Königreich und Russland, und Hakodate wurde ein für den ausländischen Handel geöffneter Hafen. Das Shogunat schickte hochrangige Beamte, die sogenannten Hakodate-Gouverneure, um die Angelegenheiten zu leiten. Sie waren für Verhandlungen mit ausländischen Staaten, die Verteidigung der Küsten und die Verwaltung der Stadt zuständig. Ihr Regierungsbüro brauchte einen Standort, und man plante, es im Landesinneren anzusiedeln, fern vom Hafen und dem Stadtzentrum, geschützt durch eine Festung. Daraus entstand Goryōkaku. Es begann als Verwaltungszentrum, doch die Verteidigung stand an erster Stelle. Westliche Schiffe erreichten nun den Hafen, und das Shogunat wollte, dass sich sein Amt selbst verteidigen kann. So wurde Goryōkaku als Regierungssitz errichtet, umgeben von Festungsmauern.