Im Juni 1861 kam ein junger Priester namens Nikolaus, der später als Heiliger Nikolaus bekannt wurde, nach Hakodate, um das Konsulat zu betreuen. Er hätte sich einfach um die Diplomaten kümmern können, doch er hatte einen weit größeren Traum: den orthodoxen Glauben nach Japan zu bringen. Also begann er, die japanische Sprache, Geschichte, Religion und Bräuche zu studieren. Einige Einheimische begannen, ihn zu besuchen. Im April 1868, zu einer Zeit, als das Christentum noch verboten war, wurden drei Männer heimlich in einem Raum der Priesterwohnung getauft: Pawel Sawabe Takuma, Ioann Sakai Atsurei und Jakow Urano Daizo. Ihre Taufen waren die ersten Früchte der Gemeinde Hakodate, und sie markieren zugleich die Geburt der orthodoxen Kirche in Japan. Im Jahr 1872 zog Nikolaus nach Tokio, um den Glauben im ganzen Land zu verbreiten, und der Mönchspriester Anatolij übernahm in Hakodate. Nikolaus' Werk wuchs rund um die große Nikolai-Kathedrale in Kanda, Tokio, doch Hakodate hat seinen Platz stets als die Kirche bewahrt, in der alles begann.