A história do Santuário Hie começa muito antes do Tóquio moderno. No período Kamakura, o clã Edo instalou um santuário Sanno nesta região. Mais tarde, durante os anos Bunmei, o guerreiro Ota Dokan convidou a divindade Sanno de Kawagoe para o Castelo de Edo, e esse ato lançou as bases do santuário atual. Então a história mudou de rumo. Em 1590, Tokugawa Ieyasu fez do Castelo de Edo sua residência e venerou o santuário como divindade guardiã da família Tokugawa e divindade do nascimento de Edo. À medida que o castelo crescia, o santuário foi transferido para Kojimachi Hayabusacho e, depois, no segundo ano de Manji, que corresponde a 1659, instalou-se na colina atual em Nagatacho. Os séculos continuaram mudando seu título. Quando o castelo se tornou o Palácio Imperial, o santuário foi honrado como seu protetor. Em 1868, adotou formalmente o nome Santuário Hie, embora por muito tempo tenha sido conhecido por nomes como Hie Sanno Shrine, Edo Sanno Gongen e Kojimachi Sanno. Para os fiéis, é simplesmente a montanha, e para todos os demais sempre foi Sanno-san.