Por mais de dois séculos, o xogunato Tokugawa manteve o Japão fechado ao comércio estrangeiro, com a Holanda e a China como as únicas exceções. Em 1854, essa situação mudou. O Japão assinou, um após outro, tratados de amizade com os Estados Unidos, o Reino Unido e a Rússia, e Hakodate se tornou um porto aberto ao comércio exterior. O xogunato enviou funcionários de alto escalão, chamados magistrados de Hakodate, para administrar a situação. Eles eram responsáveis por negociar com países estrangeiros, defender a costa e administrar a cidade. O escritório do governo precisava de uma sede, e o plano era instalá-lo no interior, longe do porto e do centro da cidade, protegido por um forte. É daí que vem o Goryōkaku. Ele nasceu como um centro administrativo, mas a defesa era a principal preocupação. Navios ocidentais já chegavam ao porto, e o xogunato queria que seu escritório fosse capaz de se defender. Assim, o Goryōkaku foi construído como uma sede de governo cercada por muralhas de fortaleza.