O acervo reúne milhares de obras, bem mais de 5000 segundo a própria listagem turística do museu, e é organizado em torno de cinco políticas de coleta. A primeira é a arte de Hokkaido, seguida da arte moderna japonesa, da Escola de Paris, da arte em vidro e da arte contemporânea. Juntos, eles permitem que o museu conte uma história local e uma história global lado a lado. A linha da Escola de Paris se concentra especialmente em Pascin, uma surpresa encantadora de encontrar no norte do Japão. A coleção de arte em vidro é outra área ativa de aquisições, com obras do Japão e do exterior. Ao lado disso, há gravuras europeias e doações de generosos colecionadores particulares, incluindo xilogravuras ukiyo-e e cerâmicas, de modo que seu olhar possa percorrer do período Edo à era Showa até o presente, e de Hokkaido ao Japão e ao Ocidente. Como há tanto material, o museu faz rodízio das obras. As exposições de coleção trazem à luz peças em torno de diferentes temas, e as exposições especiais apresentam obras distintivas do Japão e do exterior. O resultado é que duas visitas podem parecer bem diferentes entre si.