A história das coleções começa com a própria universidade. A Universidade de Hokkaido foi fundada em 1876 como Faculdade Agrícola de Sapporo. Depois, tornou-se a Faculdade de Agricultura da Universidade Imperial de Tohoku, em seguida Universidade Imperial de Hokkaido, e a partir de 1947 passou a ser a Universidade de Hokkaido, a instituição que você vê hoje. Em 1884, durante os anos da faculdade, a universidade assumiu um museu de jardim botânico que antes era administrado pelo Kaitakushi, a comissão de colonização. Esse foi o primeiro museu da universidade. Ele ainda faz parte da universidade, mas hoje está subordinado a um centro de pesquisa separado, e não a este museu. O museu que você está visitando foi inaugurado em 1999. Ele cuida de cerca de 4 milhões de itens reunidos ao longo do primeiro século e meio da universidade, incluindo 13 000 espécimes-tipo. Trata-se dos espécimes de referência com base nos quais os cientistas fundamentam a descrição oficial de uma espécie, o que os torna especialmente preciosos para os pesquisadores. O museu cresceu desde então. Em 2007, o Museu de Ciências Pesqueiras, uma instalação expositiva da faculdade de pesca inaugurada em 1958, tornou-se um anexo. Em abril de 2015, o museu principal fechou para reforço sísmico e obras internas, e reabriu em 2016, no 140º aniversário da universidade, com quase o dobro de espaço expositivo.