La più grande catastrofe nella storia del tempio arrivò nel 1945, quando i bombardamenti aerei su Tokyo distrussero gran parte dei suoi edifici più importanti. Tra le perdite vi furono il mausoleo Taitoku-in di Hidetada, con il monumento alla moglie Sūgen'in, e i mausolei di Ienobu e Ietsugu. Tutti erano stati designati Tesori Nazionali del Giappone. Oggi, parti di due delle tombe sono Beni Culturali Importanti. Una struttura attraversò la guerra. È la porta principale, la Sangedatsumon, una porta a due piani alta 21 metri, ovvero 69 piedi. Fu costruita nel 1622, il che la rende l'edificio in legno più antico di Tokyo, ed è l'unica struttura originale del tempio sopravvissuta alla Seconda guerra mondiale. È un Bene Culturale Importante. Quando passate sotto di essa, camminate attraverso i primi anni dell'epoca Tokugawa. I mausolei perduti non sono dimenticati. Nell'aprile 2015 è stata aperta una Galleria dei Tesori al primo piano interrato della sala principale, a segnare quattrocento anni dalla morte di Tokugawa Ieyasu. Il suo elemento centrale è un modello architettonico in scala 1:10 del mausoleo Daitokuin, che un tempo sorgeva sul lato destro del complesso, vicino al Tokyo Prince Hotel.