Isshinji ha conosciuto più della pace. Una tradizione narra che nel 1614, durante la lotta tra Tokugawa Ieyasu e Hideyori, figlio di Hideyoshi che si era asserragliato nel vicino Castello di Osaka, Ieyasu fece di questo tempio il proprio quartier generale. Il crinale su cui sorge il tempio, vicino agli accessi meridionali del castello, rende facile immaginarlo. Molto più tardi, il tempio subì danni come il resto di Osaka. Come la maggior parte dei templi e dei santuari della città, fu ricostruito dopo la distruzione di Osaka negli ultimi anni della Seconda guerra mondiale. Per questo l'aspetto attuale del tempio non è quello di un complesso medievale conservato. Anzi, la ricostruzione ha conferito al tempio la fama di un'architettura insolita. Nel 2023, Isshinji è stato scelto per Osaka Selection, parte del programma Living Architecture Museum della città, che celebra gli edifici che danno carattere alla città. La selezione mette in evidenza il tempio per due aspetti insieme: immagini del Buddha realizzate con le ceneri dei defunti e un insieme di edifici unici. Fede antica e design nuovo convivono qui fianco a fianco.