Ecco uno dei fatti più sorprendenti sul tempio Ninna. La maggior parte dei suoi edifici bruciò durante la guerra di Onin, che infuriò dal 1467 al 1477. La ricostruzione avvenne nelle ere Kan'ei e Shoho, tra il 1624 e il 1648. Nel 1634, il ventunesimo capo del tempio, il principe Kakushin, chiese allo shogun Tokugawa Iemitsu, in visita a Kyoto, di aiutare a restaurare il tempio. Iemitsu acconsentì, e il sostegno dello shogunato rese possibile la ricostruzione. Il risultato fu una sorta di riciclo su scala imperiale. Quando il palazzo imperiale di Kyoto fu ricostruito negli anni Kan'ei, alcuni dei suoi antichi edifici furono concessi al tempio e trasferiti qui. La Sala d'Oro, tesoro nazionale, è l'antico Shishinden, la sala cerimoniale principale del palazzo, costruito nel 1613. È il più antico Shishinden sopravvissuto in assoluto. Quando divenne una sala buddhista, il tetto fu cambiato da scorza di cipresso a tegole, ma si possono ancora notare tocchi del palazzo, come le persiane a graticcio che si sollevano verso l'alto e le decorazioni metalliche dorate. All'interno, l'immagine principale è Amida Nyorai. La Sala del Fondatore, bene culturale importante, fu costruita tra il 1641 e il 1645 con legno dell'antica sala Seiryoden del palazzo. Vi sono custodite immagini di Kobo Daishi, fondatore della scuola Shingon, insieme all'imperatore Uda e al secondo capo del tempio, il principe Shoshin.