Ogni grande tempio ha una storia delle origini, e questo inizia in modo modesto. Honen, nato nel 1133 nella provincia di Mimasaka, nell'odierna Okayama, salì sul monte Hiei a tredici anni e fu ordinato a quindici. In seguito fondò la setta Jodo, la cui pratica centrale è il canto del nembutsu, la formula Namu Amida Butsu. Nei pressi di Higashiyama Yoshimizu, vicino a dove oggi sorge lo Seishido, visse in un piccolo eremitaggio con tetto di paglia. Quella dimora umile è il seme da cui è cresciuto Chion-in. Il suo insegnamento non fu accolto da tutti con favore. Nel 1207, durante la persecuzione di Jogen, Honen fu esiliato nella provincia di Sanuki, nell'odierna Kagawa. Quattro anni dopo, nel 1211, fu graziato e tornò nella capitale. Il suo vecchio eremitaggio era caduto in rovina, quindi si trasferì nel vicino Otani Zenbo, che oggi corrisponde allo Seishido. Vi morì il venticinquesimo giorno del primo mese del 1212, all'età di ottant'anni. Dopo la sua morte fu costruito un mausoleo accanto all'Otani Zenbo, ma i monaci di Enryakuji lo distrussero nel 1227. La storia non finì lì. Nel 1234 il discepolo di Honen, Genchi, fece rinascere il sito, e l'imperatore Shijo conferì al tempio il nome Kachozan Chion Kyoin Otaniji. Da quel momento, un eremitaggio su una collina iniziò il lungo cammino verso la sua trasformazione in tempio principale di un'intera scuola del buddhismo.