Camminando dietro le sale, la grande scala lascia il posto a un giardino. Lo Shinen, il giardino del santuario, è un luogo di bellezza paesaggistica nazionale, creato da Ogawa Jihei il Settimo, il grande maestro giardiniere di Kyoto noto come Ueji, che visse dal 1860 al 1933. Vi lavorò per più di vent'anni. È un giardino da passeggio costruito intorno a un grande stagno, che egli riempì con acqua prelevata dal vicino Canale del Lago Biwa. All'epoca era un'idea audace e rara. Il giardino ha quattro parti: Ovest, Centro, Est e Sud. Ovest e Centro risalgono al 1895, Est al 1916 e Sud, la parte più recente, al 1981. Insieme richiamano quattro epoche: Heian, Kamakura, Azuchi-Momoyama e Edo. Alcuni degli eleganti edifici in legno qui furono trasferiti dal Palazzo Imperiale di Kyoto, e vi sono punti pensati per sedersi e godersi la vista. Anche l'anno del santuario ha i suoi momenti salienti. Il 22 ottobre, anniversario del trasferimento della capitale, il corteo del Jidai Matsuri si snoda dal Palazzo Imperiale di Kyoto fino al Santuario Heian. Vi partecipano circa 2000 persone, in costumi disposti per epoca, dal periodo Meiji fino al periodo Heian. È considerato uno dei tre grandi festival di Kyoto. Il rito annuale più importante del santuario si svolge il 15 aprile, quando un inviato imperiale partecipa con delle offerte.