La divinità principale del Santuario di Yasaka è Susanoo-no-Mikoto. Nei tempi antichi era conosciuto anche come Gozu Tenno, e il Buddha Yakushi Nyorai era considerato la forma buddhista della stessa presenza protettrice. Le persone venivano qui per chiedere sollievo dalle epidemie e, nel corso dei secoli, queste innumerevoli preghiere si sono trasformate in ciò che viene chiamato fede di Gion. Tale fede si diffuse ben oltre Kyoto. Questo santuario è considerato il santuario principale di circa 2300 santuari in tutto il Giappone dedicati a Susanoo-no-Mikoto o a lui collegati. Figura inoltre tra i Ventidue Santuari, un gruppo storico di santuari onorati dalla corte. Il documento più antico dell'archivio del santuario descrive i terreni che esso possedeva. Vi si nomina un territorio delimitato dalle colline di Shirakawa a est, dalla zona a nord della Quinta Avenue a sud, dal fiume Kamo a ovest e dalla zona a sud della Terza Avenue a nord. In quel documento il santuario compare con un nome più antico, Kanshin-in. Immaginate l'intero margine orientale della capitale sorvegliato da questo luogo. Il nome che vedete oggi sul portale è venuto dopo. Nel 1868, durante la separazione tra Shinto e buddhismo, Kanshin-in fu soppresso come tempio e la sala di Yakushi accanto alla sala principale fu demolita. La statua stante di Yakushi Nyorai e una statua di Kannon dagli Undici Volti furono trasferite al tempio Dairen-ji, mentre la campana del tempio andò a Daiun-in. I nomi Gion Kanshin-in e Santuario di Gion cedettero il passo a Santuario di Yasaka. Nel 1871 fu classificato santuario imperiale di grado medio e, nel 1915, fu elevato al grado più alto, quello di grande santuario imperiale.