La storia del Santuario Tsurugaoka Hachiman comprende distruzione e rinascita. Nel periodo Sengoku, il santuario fu incendiato dal clan Satomi, in un evento noto come Battaglia di Tsurugaoka Hachiman. Il signore della guerra Hojo Ujitsuna lo ricostruì in seguito. Sotto lo shogunato Tokugawa, nel periodo Edo, il santuario fu protetto e si trasformò in un complesso molto più ampio. Furono eretti edifici come il cancello Nio, la sala Goma, il deposito rotante dei sutra, un palcoscenico per il kagura, una sala Aizen in stile Fudo, una sala esagonale, una sala Kannon e una sala Benten. Durante il regno di Tokugawa Iemitsu furono costruite la sala Yakushi, una torre campanaria e una torre-cancello. Nel recinto si trovavano anche una grande pagoda Tahoto e un santuario Toshogu. Poi arrivò un drammatico ribaltamento. Nel 1868, il nuovo governo Meiji ordinò ai sacerdoti che avevano anche servito come sacerdoti dei santuari di tornare alla vita laica. Dopo un proclama del 1870, il movimento per separare il buddhismo dallo shintoismo iniziò anche qui. Nello stesso anno, la grande pagoda Tahoto e altre sale buddhiste furono distrutte, e molte statue buddhiste, strumenti rituali, tesori e scritture furono distrutti, bruciati o dispersi. Alcuni, tuttavia, sopravvissero. Il nome del santuario fu cambiato da Tsurugaoka Hachimangu-ji a Santuario Tsurugaoka Hachiman. Per questo motivo il recinto che attraversate oggi appare come un santuario shintoista, anche se la sua storia precedente fu condivisa con il buddhismo.