L'histoire commence en 1989, l'année du décès de l'empereur Showa. En juin de cette année-là, sa famille, à savoir Akihito et l'impératrice douairière Kojun, fit don d'un ensemble d'œuvres d'art à l'État. Il s'agissait de trésors transmis au sein de la maison impériale depuis des générations. La nation avait désormais besoin d'un lieu pour les préserver, les étudier et les présenter au public. La réponse fut un musée construit dans les jardins de l'Est du Palais impérial. La construction s'acheva en septembre 1992, et les portes s'ouvrirent aux visiteurs le 3 novembre 1993. D'autres dons suivirent au fil des années, notamment des pièces provenant des maisons du prince Chichibu, du prince Takamatsu et du prince Mikasa, ainsi que de l'impératrice douairière. Le nom porte sa propre histoire. Sannomaru désigne la troisième enceinte de l'ancien château d'Edo, celle où se dresse le musée. Shozo signifie garder avec un grand soin. Il fait écho à un ancien titre, celui du responsable de l'office qui veillait sur les objets liés à l'empereur dans les anciens codes de lois. Ainsi, le nom est, au sens littéral, une promesse de chérir ce qu'il abrite.