À la fin de mars 2020, la collection propre du musée comptait 1 911 objets, dont 13 Trésors nationaux et 114 Biens culturels importants. Il avait également la charge de 1 974 œuvres en dépôt, parmi lesquelles 52 Trésors nationaux et 306 Biens culturels importants. Parmi les œuvres les plus célèbres du musée figurent le Kannon à onze visages peint sur soie et le rouleau de l'Enfer, appelé Jigoku Zoshi. Chaque automne, le musée organise son Exposition du Shosoin, présentant des objets du dépôt impérial de l'époque de Nara, au temple Todaiji. Ce lien remonte loin. En 1931, le musée organisa une exposition des fragments de textiles précieux du Shosoin, afin de montrer les résultats des travaux de restauration. Sa salle de sculpture bouddhique de Nara, rouverte en 2010 dans le bâtiment principal, offre une porte d'entrée sur la longue histoire de Nara comme capitale, à travers la sculpture. Le musée n'est pas seulement un lieu d'exposition. Le Centre de conservation, ouvert en 2002, a pour mission de sauver, examiner, documenter, conserver et restaurer les Trésors nationaux et d'autres biens culturels majeurs. Des restaurateurs spécialisés dans la sculpture, la peinture et les textes anciens y travaillent, et des spécialistes conseillent les propriétaires et gardiens de biens culturels. D'une certaine manière, cela prolonge la mission de sauvetage commencée en 1895.