Le musée commence avant la bombe, avec l'histoire du lieu lui-même. L'hypocentre de l'explosion était le quartier d'Urakami, qui était depuis longtemps une banlieue rustique et plutôt isolée. Après les années 1920, cela a changé. Le quartier a été choisi pour accueillir des usines de munitions, et sa population a fortement augmenté. Une section du musée intitulée Événements ayant conduit au bombardement atomique de Nagasaki présente la suite des évolutions historiques à l'origine de l'attaque, et vise à les exposer indépendamment des préjugés du présent. L'exposition plus large revient aussi sur les guerres qui ont formé le contexte, le conflit entre le Japon et la Chine, puis la guerre du Pacifique. Vient ensuite le jour lui-même. À onze heures deux du matin, le 9 août 1945, la bombe surnommée Fat Man a été larguée sur Nagasaki. Son nom de code vient des États-Unis, où Robert Serber l'a choisi, d'après un personnage interprété par Sydney Greenstreet dans le film Le Faucon maltais. Un nuage en forme de champignon s'est élevé à environ 45 000 pieds, soit environ 14 000 mètres, au-dessus de la ville. Une maquette de Fat Man figure parmi les présentations, afin que vous puissiez voir la forme de l'arme qui a causé ces ravages.