La historia comienza en 1989, el año en que murió el emperador Showa. Ese junio, su familia, concretamente Akihito y la emperatriz viuda Kojun, donó un conjunto de obras de arte al Estado. Eran tesoros que se habían transmitido dentro de la casa imperial durante generaciones. La nación necesitaba entonces un lugar donde conservarlos, estudiarlos y mostrarlos al público. La respuesta fue un museo construido dentro de los Jardines Orientales del Palacio Imperial. Las obras terminaron en septiembre de 1992, y las puertas se abrieron a los visitantes el 3 de noviembre de 1993. A lo largo de los años llegaron más donaciones, entre ellas piezas de las casas del príncipe Chichibu, el príncipe Takamatsu y el príncipe Mikasa, así como de la emperatriz viuda. El nombre también tiene su propia historia. Sannomaru significa el tercer recinto del antiguo Castillo de Edo, que es donde se levanta el museo. Shozo significa conservar con gran cuidado. Recuerda a un antiguo título, el del jefe de la oficina que se ocupaba de los objetos relacionados con el emperador en los primeros códigos legales. Así, el nombre es, literalmente, una promesa de atesorar lo que hay en su interior.