La historia del Santuario Hie comienza mucho antes del Tokio moderno. En el periodo Kamakura, el clan Edo erigió un santuario Sanno en esta región. Más tarde, durante los años Bunmei, el guerrero Ota Dokan invitó a la deidad Sanno desde Kawagoe al Castillo de Edo, y ese acto sentó las bases del santuario actual. Entonces la historia dio un giro. En 1590, Tokugawa Ieyasu convirtió el Castillo de Edo en su residencia y veneró el santuario como deidad guardiana de la familia Tokugawa y deidad natal de Edo. A medida que el castillo crecía, el santuario fue trasladado a Kojimachi Hayabusacho y, luego, en el segundo año de Manji, que corresponde a 1659, se asentó en su colina actual de Nagatacho. Los siglos siguieron cambiando su título. Cuando el castillo se convirtió en el Palacio Imperial, el santuario fue honrado como su protector. En 1868 adoptó formalmente el nombre de Santuario Hie, aunque durante mucho tiempo había sido conocido con nombres como Santuario Hie Sanno, Edo Sanno Gongen y Kojimachi Sanno. Para los feligreses es simplemente la montaña, y para todos los demás siempre ha sido Sanno-san.