Niemand weiß, in welchem Jahr der Naminoue-Schrein gegründet wurde. Die Geschichte beginnt eher mit einem Ort des Gebets als mit einem Bauwerk. Vor langer Zeit beteten die Menschen auf diesen Inseln zu den Göttern von Niraikanai, dem Paradies jenseits des Meeres, und baten um sanfte Winde und Regen, gute Fischerei und reiche Ernten. Diese Klippenkante war einer der heiligen Orte, an denen diese Gebete dargebracht wurden, und aus diesem Brauch wuchs der Schrein. Dann gibt es die Gründungslegende, und sie ist eine schöne. Vor langer Zeit verbrachte ein Mann namens Dorfvorsteher von Sakiyama, aus Haebaru, seine Tage mit Fischen. Eines Tages fand er an der Küste einen seltsamen sprechenden Stein. Andere Götter erfuhren davon und versuchten, den heiligen Stein an sich zu reißen, also floh er zum Hügel Naminoue, der auch Hanagusuku genannt wird. Dort sprach ein Orakel: Ich bin Kumano Gongen, errichte an diesem Ort einen Schrein, und du wirst das Land beschützen. Er berichtete es der königlichen Regierung, und ein Schrein wurde errichtet und verehrt. Das ist die Legende, wie sie überliefert wird, kein dokumentiertes Ereignis. Der Schrein ehrt heute drei Gottheiten: Izanami no Mikoto, Hayatama-o no Mikoto und Kotosakao no Mikoto. Sein wichtigstes jährliches Fest findet am siebzehnten Mai statt.