Hier ist eine der überraschendsten Tatsachen über den Ninna-ji-Tempel. Die meisten seiner Gebäude brannten während des Onin-Krieges nieder, der von 1467 bis 1477 wütete. Der Wiederaufbau erfolgte in den Ären Kan'ei und Shoho, zwischen 1624 und 1648. Im Jahr 1634 bat der einundzwanzigste Tempelvorsteher, Prinz Kakushin, den Shogun Tokugawa Iemitsu, der Kyoto besuchte, um Hilfe bei der Restaurierung des Tempels. Iemitsu stimmte zu, und die Unterstützung durch das Shogunat machte den Wiederaufbau möglich. Das Ergebnis war eine Art Wiederverwertung im kaiserlichen Maßstab. Als der kaiserliche Palast in Kyoto in den Kan'ei-Jahren wiederaufgebaut wurde, wurden einige seiner alten Gebäude dem Tempel überlassen und hierher versetzt. Die Goldene Halle, ein Nationalschatz, ist der frühere Shishinden, die wichtigste Zeremonienhalle des Palastes, erbaut im Jahr 1613. Sie ist der älteste erhaltene Shishinden überhaupt. Als sie zu einer buddhistischen Halle wurde, wurde das Dach von Zypressenrinde auf Ziegel umgestellt, doch man erkennt noch Palastelemente, etwa nach oben aufklappbare Gitterläden und goldene dekorative Metallbeschläge. Im Inneren ist das Hauptbildnis Amida Nyorai. Die Gründerhalle, ein wichtiges Kulturgut, wurde zwischen 1641 und 1645 aus dem Holz der früheren Seiryoden-Halle des Palastes errichtet. Sie beherbergt Abbilder von Kobo Daishi, dem Gründer der Shingon-Schule, sowie von Kaiser Uda und dem zweiten Tempelvorsteher, Prinz Shoshin.