Die Geschichte beginnt mit einer Verlegung der Hauptstadt. Der Überlieferung nach kamen die Gottheiten des Schreins aus der Region Nara mit, als der Hof im Jahr 794 nach Heian-kyō verlegt wurde, das heutige Kyoto. Die eigene Darstellung des Hirano-Schreins besagt, er sei eben 794 hier angesiedelt worden, im selben Jahr wie die Verlegung. Die Tourismusinformation Kyotos beschreibt ihn als den einzigen Schrein, der angeblich von Nara nach Kyoto überführt wurde. Historiker fügen eine faszinierende Schicht hinzu. Neuere Forschungen legen nahe, dass der Schrein als kleines Heiligtum in der alten Hauptstadt Heijō-kyō begann und den Ahnengott von Takano no Niigasa verehrte, der Mutter von Kaiser Kanmu. Als Kanmu die Hauptstadt verlegte, wurde dieser Familienschrein nahe dem neuen Palast neu errichtet. Eine Überlieferung besagt, er habe zunächst innerhalb eines Palastes namens Tamura in Heijō-kyō gestanden. Das genaue Gründungsdatum wird unterschiedlich überliefert. Eine Quelle nennt 794, eine andere 785, und andere sagen nur, er sei während der Ära Enryaku gegründet worden, zwischen 782 und 806. Ein amtliches Dokument von 801 erwähnt das Hirano-Fest, daher wurde der Schrein sicher um diese Zeit gegründet, nicht lange nach der Gründung der neuen Hauptstadt.