Lange bevor dies ein Schrein der Gelehrten war, hatte der Bezirk Kitano eine besondere Aufgabe. Er liegt nordwestlich des alten Kaiserpalastes, in Richtung des sogenannten himmlischen Tores der Hauptstadt, und galt als wichtiger Ort zum Schutz der Stadt. Hier standen bereits zwei kleine Schreine: Jinushi, der die Götter des Himmels und der Erde verehrte, und Hinomiko, der einer Donnergottheit geweiht war. Beide bestehen heute noch als Nebenschreine auf dem Gelände. Diese Verbindung zum Donner ist für das Folgende wichtig. Michizane lebte von 845 bis 903, und im Jahr 901 wurde er nach einem verlorenen Machtkampf am Hof aus Kyoto verbannt. Zwei Jahre später starb er im Exil. Bald darauf wurde die Hauptstadt von Seuchen und Naturkatastrophen heimgesucht, und die Menschen glaubten, seine Wut sei die Ursache. Der dramatischste Moment kam im Jahr 930, als ein Blitz die Seiryoden traf, die eigene Halle des Kaisers im Palast. Zwei Hofbeamte, Fujiwara no Kiyotsura und Taira no Marekiyo, kamen ums Leben. Drei Monate später starb Kaiser Daigo, und der Hof war überzeugt, dass Michizanes Geist am Werk sei. Mit der Zeit wurde sein Geist mit der Donnergottheit dieses Bezirks verbunden.