Beginnen wir mit der ältesten Schicht der Geschichte. Der Überlieferung nach stand auf diesem Grund, bevor die Hauptstadt 794 nach Heian-kyō verlegt wurde, bereits ein kleiner Schrein, der eine Gottheit der Epidemien verehrte, den Sturmgott Susanoo. Dieser kleine Schrein besteht heute als Nebenschrein innerhalb des Imamiya-Schreins fort und heißt Yakujinja, der Schrein der Seuchengottheit. Dann kam das Jahr 994. Eine große Pest fegte über die Hauptstadt, und Kyoto antwortete, wie es häufig tat, mit einem Goryō-e, einem Ritual, das zornige Geister besänftigen sollte, denen man die Krankheit zuschrieb. Der Hof ließ zwei tragbare Schreine bauen und die Seuchengottheit in sie übersiedeln. Sie wurden zum Hügel Funaokayama getragen und dort abgestellt, man bot Musik dar, und das Unheil wurde dann in Opfergaben gebunden und zur Bucht von Naniwa fortgeschwemmt. Dieses Ritual, das Murasakino-Goryō-e, gilt als Beginn des Imamiya-Festes. Es wiederholte sich 1001, als die Pest zurückkehrte. Diesmal holte der Hof die Gottheit vom Funaokayama herab und errichtete an dem alten Ort ein richtiges Heiligtum mit heiligem Zaun und tragbarem Schrein, und er gab ihm den Namen Imamiya-sha. Damit beginnt nach Überlieferung der Schrein als Institution. Drei Gottheiten werden hier verehrt: Onamuchi no Mikoto, Kotoshironushi no Mikoto und Kushinadahime no Mikoto.