La storia del Santuario Hie inizia molto prima della Tokyo moderna. Nel periodo Kamakura, il clan Edo ha installato un santuario Sanno in questa zona. Più tardi, durante gli anni Bunmei, il guerriero Ota Dokan invitò la divinità Sanno da Kawagoe nel Castello di Edo, e quel gesto gettò le basi dell'attuale santuario. Poi la storia cambiò corso. Nel 1590 Tokugawa Ieyasu fece del Castello di Edo la sua residenza e venerò il santuario come divinità protettrice della famiglia Tokugawa e divinità natale di Edo. Man mano che il castello cresceva, il santuario fu trasferito a Kojimachi Hayabusacho e poi, nel secondo anno dell'era Manji, cioè nel 1659, si stabilì sulla collina attuale a Nagatacho. Nei secoli il suo nome cambiò più volte. Quando il castello divenne Palazzo Imperiale, il santuario fu onorato come suo protettore. Nel 1868 assunse ufficialmente il nome di Santuario Hie, sebbene fosse stato a lungo chiamato con nomi come Hie Sanno Shrine, Edo Sanno Gongen e Kojimachi Sanno. Per i fedeli è semplicemente la montagna, mentre per tutti gli altri è sempre stato Sanno-san.