Ce calme paisible cache un passé sanglant. En 1536, Sacsayhuaman a été le théâtre de l'un des combats les plus désespérés de la conquête espagnole. L'Inca Manco Inca, menant une rébellion massive contre les envahisseurs, a assiégé Cusco depuis cette forteresse. C'était la bataille de la dernière chance. Juan Pizarro, le frère du célèbre conquistador Francisco Pizarro, a été mortellement blessé ici même alors qu'il tentait de prendre d'assaut les murs. Les récits historiques décrivent des milliers de soldats incas défendant les tours qui existaient autrefois au sommet du site, comme la célèbre tour circulaire de Muyucmarca. Malheureusement, après la défaite inca, les Espagnols ont utilisé Sacsayhuaman comme une carrière. Ils ont démonté les tours et les parties supérieures des murs pour construire la cathédrale et les palais coloniaux que vous voyez en bas dans la ville. Ce qu'il en reste aujourd'hui ne représente qu'environ 20 pour cent de la structure originale, mais ce sont les pierres les plus massives, celles que les Espagnols n'ont jamais réussi à déplacer.