L'histoire des collections commence avec l'université elle-même. L'Université de Hokkaido a débuté en 1876 sous le nom de Collège d'agriculture de Sapporo. Elle est devenue plus tard le Collège d'agriculture de l'Université impériale de Tohoku, puis l'Université impériale de Hokkaido, et depuis 1947 elle est l'Université de Hokkaido que vous voyez aujourd'hui. En 1884, pendant les années du collège, l'université a repris un musée-jardin botanique qui était auparavant géré par le Kaitakushi, la commission de colonisation. C'était le premier musée de l'université. Il fait toujours partie de l'université, mais il relève désormais d'un centre de recherche distinct et non de ce musée. Le musée que vous visitez a ouvert ses portes en 1999. Il conserve environ 4 millions d'objets rassemblés au cours du premier siècle et demi de l'université, dont 13 000 spécimens types. Ce sont les spécimens de référence sur lesquels les scientifiques fondent la description officielle d'une espèce, ce qui les rend particulièrement précieux pour les chercheurs. Le musée s'est développé depuis. En 2007, le Musée des sciences halieutiques, un établissement d'exposition de la faculté des pêches ouvert en 1958, est devenu une annexe. En avril 2015, le musée principal a fermé pour une mise aux normes parasismiques et des travaux intérieurs, et il a rouvert en 2016, pour le 140e anniversaire de l'université, avec un espace d'exposition presque doublé.