Toda gran iglesia tiene un origen, y este comienza con el agua. Donde el río Amstel fluía hacia el río IJ, depositó sedimentos de arcilla y formó pequeños montículos bajos, llamados diques naturales. En el siglo XIII, los primeros habitantes de Ámsterdam construyeron una pequeña capilla de madera sobre uno de esos montículos, y el mismo lugar también sirvió como cementerio. La fecha exacta de esa primera capilla se cuenta de dos maneras. Un relato afirma que una capilla de madera existía aquí hacia 1213. Otro sitúa una pequeña capilla de madera en el lugar hacia 1250. En cualquier caso, fue un comienzo modesto. En la segunda mitad del siglo XIII, la madera dio paso a una iglesia de nave de piedra. Después de 1300, los habitantes de Ámsterdam levantaron una iglesia gótica de nave más grande, con tres naves, las laterales estrechas pero tan altas como la central, y un pequeño coro rectangular. El edificio se convirtió en la iglesia de San Nicolás el 17 de septiembre de 1306, cuando el obispo de Utrecht la consagró al patrón de los marineros. Para una ciudad que crecía junto a un río y comerciaba por vía fluvial, fue una elección apropiada. Bajo el suelo hay una historia aún más antigua. En 1963, unos investigadores hallaron una tumba con los restos de una persona joven que vivió aproximadamente entre 1150 y 1215, probablemente uno de los primeros habitantes de Ámsterdam.