Una catedral que ha permanecido en pie durante siglos ha presenciado gran cantidad de turbulencias. Durante la Reforma, la catedral se convirtió en una iglesia protestante, y Estrasburgo, capital de la imprenta, se transformó en un centro desde el cual los reformadores difundían folletos y cancioneros. El iconoclasmo protestante y revolucionario, así como los períodos bélicos de 1681, 1870 y 1940 a 1944, causaron daños a algunas de sus joyas más valiosas, entre ellas el cancel del coro de 1252 y los sucesivos altares mayores de hacia 1500 y 1682. Algunos tesoros y fragmentos se exhiben en el Musée de l'Œuvre Notre-Dame. En la guerra franco-prusiana de 1870, los proyectiles incendiaron los tejados de la nave y del coro. Durante la Primera Guerra Mundial, se retiraron todas las campanas excepto la grande y pesada. En la Segunda Guerra Mundial, las vidrieras de la catedral emprendieron un viaje propio. Los franceses primero las escondieron en el suroeste de Francia, luego fueron trasladadas al norte de Alemania y, finalmente, fueron salvadas y devueltas por los Monuments Men, las tropas británicas y estadounidenses dedicadas a devolver el arte a su lugar legítimo tras 1945. En el interior, todavía puede admirar obras que sobrevivieron, como el púlpito tallado en arenisca blanca en 1486 y una pila bautismal en el transepto norte, esculpida en 1453 por Jost Dotzinger.