La historia comienza en 1713, cuando Viena, ciudad residencia imperial, fue azotada por lo que sería la última gran epidemia de peste que llegaría a la ciudad. En octubre de ese año, el emperador Carlos VI se arrodilló en la catedral de San Esteban e hizo un voto: si la ciudad se salvaba, construiría una iglesia dedicada a su propio santo homónimo, Carlos Borromeo. Ese santo también era conocido como protector contra la peste. La epidemia se extinguió en 1714, y el emperador cumplió su palabra. Anunció un concurso de arquitectura para la nueva iglesia. Las obras comenzaron en 1715 y la iglesia fue consagrada el 28 de octubre de 1737 por el cardenal Sigismund Graf Kollonitsch. En total, la construcción duró veintiún años. El dinero llegó de muchas manos. Contribuyeron los estados de las provincias hereditarias y numerosos donantes particulares, y también España, los Países Bajos, Milán, Italia y Bohemia. Se trataba de una iglesia financiada por una amplia red imperial, no solo por un gobernante. Todavía puede leer el voto en el edificio. Bajo el frontón principal, con letras doradas, corre un versículo del Salmo veintidós, versículo veintiséis: Vota mea reddam in conspectu timentium deum. Significa: «Cumpliré mis votos en presencia de los que temen a Dios». Esa es la marca de una iglesia votiva.