Jeder große Tempel hat eine Entstehungsgeschichte, und diese beginnt bescheiden. Honen, geboren 1133 in der Provinz Mimasaka, im heutigen Okayama, stieg mit 13 Jahren auf den Berg Hiei und wurde mit 15 ordiniert. Später gründete er die Jodo-Schule, deren zentrale Praxis das Rezitieren des Nembutsu ist, der Formel Namu Amida Butsu. Nahe Higashiyama Yoshimizu, dort wo heute das Seishido steht, lebte er in einer kleinen Einsiedelei mit Strohdach. Diese bescheidene Behausung ist der Keim, aus dem das Chion-in hervorging. Seine Lehre wurde nicht von allen willkommen geheißen. Im Jahr 1207, während der Jogen-Verfolgung, wurde Honen in die Provinz Sanuki, im heutigen Kagawa, verbannt. Vier Jahre später, 1211, wurde er begnadigt und kehrte in die Hauptstadt zurück. Seine alte Einsiedelei war verfallen, daher zog er in das nahe gelegene Otani Zenbo, das heutige Seishido. Dort starb er am fünfundzwanzigsten Tag des ersten Monats im Jahr 1212 im Alter von 80 Jahren. Nach seinem Tod wurde neben dem Otani Zenbo ein Mausoleum errichtet, doch Mönche vom Enryakuji zerstörten es 1227. Die Geschichte endete damit jedoch nicht. Im Jahr 1234 belebte Honens Schüler Genchi den Ort wieder, und Kaiser Shijo verlieh dem Tempel den Namen Kachozan Chion Kyoin Otaniji. Von diesem Moment an begann eine Einsiedelei auf einem Hügel ihren langen Weg, um zum Haupttempel einer ganzen buddhistischen Schule zu werden.