Alla fine di marzo 2020, la collezione propria del museo contava 1.911 oggetti, tra cui 13 Tesori Nazionali e 114 Beni Culturali Importanti. Il museo custodiva inoltre 1.974 opere in deposito, tra cui 52 Tesori Nazionali e 306 Beni Culturali Importanti. Tra le opere più celebri del museo figurano il Kannon dalle undici teste dipinto su seta e il Rotolo dell'Inferno, chiamato Jigoku Zoshi. Ogni autunno il museo organizza la sua Mostra dello Shosoin, presentando oggetti provenienti dal deposito imperiale di epoca Nara del tempio Todaiji. Il legame è antico. Nel 1931 il museo allestì una mostra dei frammentari tesori tessili dello Shosoin, per mostrare i risultati del lavoro di restauro. La sua Sala della Scultura buddhista di Nara, riaperta nel 2010 nell'Edificio Principale, offre un percorso nella lunga storia di Nara come capitale attraverso la scultura. Il museo non è soltanto un luogo di esposizione. Il Centro di Conservazione, aperto nel 2002, ha lo scopo di salvare, esaminare, documentare, conservare e restaurare Tesori Nazionali e altri importanti beni culturali. Vi lavorano restauratori specializzati in sculture, dipinti e antichi testi, e specialisti forniscono consulenza alle persone che possiedono e curano i beni culturali. In un certo senso, questo prosegue la missione di salvataggio iniziata nel 1895.