Protéger Lisbonne et l'embouchure de son fleuve est devenu une véritable nécessité à l'époque des Découvertes. Le roi Jean II, qui vécut de 1455 à 1495, conçut un plan novateur. Il s'agissait d'une défense en trois volets, formée par le bastion de Cascais, la forteresse de São Sebastião da Caparica sur la rive opposée, et une troisième forteresse, la Torre de Belém. L'idée était le tir croisé. Des défenses installées sur les deux rives permettaient aux canons de couvrir le passage entre elles, et les navires ennemis auraient eu beaucoup de mal à entrer. Mais Jean II mourut avant que la troisième pièce ne puisse être construite. La tâche revint à son successeur, le roi Manuel Ier. Les travaux commencèrent en 1514. Selon les sources, ils s'achevèrent en 1519 ou en 1520. Manuel confia la conception et la direction des travaux à Francisco de Arruda, architecte expérimenté dans les ouvrages défensifs. La tour fut dédiée à saint Vincent, mais, dès le début, on l'appela simplement la tour de Belém.