Le patrimoine catholique de Fira est facile à repérer, et il est merveilleusement coloré. La cathédrale catholique Saint-Jean-Baptiste se dresse dans le quartier catholique, au nord de la ville, tout près de l'église orthodoxe. C'est une basilique à trois nefs surmontée d'un dôme, de style baroque, dotée d'un clocher orné et d'un schéma de couleurs pêche et bleu, inhabituel sur l'île, qui se détache sur les bâtiments blancs. À l'intérieur, le dôme est d'un bleu lilas, avec d'autres parties en orange et crème. La cathédrale fut fortement endommagée par le séisme de 1956, puis restaurée en 1975, un rappel de la façon dont l'histoire de Fira est liée à l'instabilité du sol. Au-dessus des falaises, vous trouverez aussi les Trois Cloches de Fira, officiellement l'église catholique de la Dormition, une église catholique grecque de rite byzantin, connue pour son dôme bleu, ses trois cloches et sa vue. Au milieu du XVIIe siècle, deux modestes églises troglodytes furent creusées dans la paroi rocheuse. Elles furent finalement détruites lorsque la falaise recula, et un dispensaire fut construit sur le site avant l'église actuelle.