L'histoire commence en 1713, lorsque Vienne, ville de la résidence impériale, fut frappée par ce qui devait être la dernière grande épidémie de peste à l'atteindre. En octobre de cette année-là, l'empereur Charles VI s'agenouilla dans la cathédrale Saint-Étienne et fit un vœu : si la ville était épargnée, il bâtirait une église dédiée à son saint patron, Charles Borromée. Ce saint était aussi connu comme protecteur contre la peste. L'épidémie prit fin en 1714, et l'empereur tint parole. Il lança un concours d'architecture pour la nouvelle église. Les travaux commencèrent en 1715, et l'église fut consacrée le 28 octobre 1737 par le cardinal Sigismond comte Kollonitsch. Au total, la construction dura 21 ans. L'argent provint de nombreuses mains. Les états des provinces héréditaires et de nombreux donateurs privés y contribuèrent, tout comme l'Espagne, les Pays-Bas, Milan, l'Italie et la Bohême. Il s'agissait d'une église financée par un vaste réseau impérial, et non par un seul souverain. Vous pouvez encore lire le vœu sur le bâtiment. Sous le fronton principal, en lettres dorées, court un verset du psaume 22, verset 26 : Vota mea reddam in conspectu timentium deum. Cela signifie : « J'accomplirai mes vœux en présence de ceux qui craignent Dieu. » C'est la marque d'une église votive.